Mais de nombreux observateurs prédisent que le gouvernement central de Khartoum retardera le plus possible son acceptation du résultat de la consultation - attendu avant le 15 février - car il a d'ores et déjà fait état de fraudes aux inscriptions sur les listes électorales et les a portées devant la Cour constitutionnelle, dans l'espoir de retarder le processus.
Le président du Sud-Soudan, Salva Kiir, a été le premier à déposer son bulletin peu après 08h00 locales (05h00 GMT) à Djouba. Des électeurs ont dormi à la belle étoile et de longues files d'attente se sont formées avant l'aube devant les bureaux de vote de la capitale provinciale.
Quel nom pour le nouvel Etat?
Des questions cruciales irrésolues ont été différées au lendemain du vote, qui ont trait à la citoyenneté, au partage des revenus du pétrole, dont le Sud possède 70% des gisements, au tracé exact de la frontière et au sort de la zone litigieuse d'Abyeï, dont les deux parties se disputent la souveraineté et où un référendum séparé est prévu. La fragilité de la situation a été illustrée vendredi et samedi par des affrontements entre l'armée du Sud-Soudan et des miliciens rebelles qui ont fait six morts.
Même le nom du futur 54e membre de l'Union africaine (UA) et 193e pays du monde, dont le statut est revendiqué par les indépendantistes, n'est pas une affaire réglée. Parmi les appellations envisagées: Nouveau Soudan, Equatorie, Djouwama et République du Nil.